Акроним Moodle образован из начальных букв названия: Modular Object-Oriented Dynamic Learning Environment (модульная объектно-ориентированная динамическая учебная среда). Раньше первая буква M обозначала Martin`s, что означало имя первого разработчика системы дистанционного обучения Moodle - Martin Dougiamas. Также название Moodle было выбрано вследствие того, что было свободно соответствующее доменное имя.
В русскоязычной среде употребяются также названия "Мудл" и "Моодус" (Модульная объектно-ориентированная динамическая управляющая среда).
"Moodle" является зарегистрированной торговой маркой во многих странах мира и зарегистрировано на Martin Dougiamas. Только партнеры Moodle могут легально использовать торговую марку для рекламы любых, имеющих к Moodle отношение, сервисов, таких как хостинг, поддержка, обучение и т.п.